Así como llegó la lluvia, así desapareció, como si la negrura hubiera sido borrada de un solo brochazo del tapiz nítido del cielo. Era por la tarde, una tarde esplendorosa, el Sol se iba ocultando majestuosamente por el horizonte y la vida volvió a latir en forma espontánea. Las aves se desplazaban por los cielos con renovados bríos y los animales salían de sus refugios asombrados ante el portento que se ofrecía a sus ojos. Un manto acuoso cubría la totalidad de la tierra. Las fuertes corrientes habían desaparecido dejando su lugar a un solo e infinito espejo que reflejaba la claridad de los cielos. Solo las almas atormentadas de los condenados formaban un cuadro desolado que contrastaba con la placidez del entorno, éstas, se apretujaban entre ellas buscando ansiosamente con la mirada, sin embargo, el árbol donde Caronte había atado su barca había desaparecido arrancado de su base, solo un hoyo profundo de donde asomaban gruesas raíces tronchadas quedaba como huella de que ahí había estado el gigante de más de doscientos metros de altura y, junto con el árbol, había desaparecido la barca y su solitario tripulante.
A pesar de las investigaciones realizadas una vez que las aguas se desecaron, no se pudo llegar a una conclusión definitiva. Uno de los testigos (Cuando se habla de los testigos, obviamente, se trata de las almas de los condenados) afirma categóricamente que él vio cuando Caronte cortó la liana que unía la barca al árbol y que, enseguida, comenzó a remar desesperadamente ayudado por la corriente de las aguas. Así mismo, asegura que en un momento lo vio desaparecer tras un lejano recodo al tiempo que miraba hacía atrás con una sonrisa burlona en los labios.
Pero, otro testigo, a quien la mayoría le concede más veracidad, jura por lo más sagrado que él mismo vio cuando el árbol fue arrancado y, al caer sobre la barca, la despedazó y Caronte solo pudo salvarse de milagro al lanzarse al agua antes de que el árbol hiciera contacto con la pequeña nave, sin embargo, las aguas zarandearon su cuerpo y lo último que vio de Caronte fue cuando este clamaba auxilio en forma desesperada y se hundía para siempre entre las aguas.
Esta segunda versión de la desaparición del barquero ha tenido más aceptación sobre los estudiosos del tema dado que, pese a todo lo que se ha dicho en contrario, todos los biógrafos de Caronte concuerdan en que el aludido era un hombre de buenos sentimientos y rostro bondadoso, de mirada limpia y sincera. Cuando las almas de los condenados lo observaban mientras remaba, Caronte siempre lo hacía con la mirada clavada en el piso de la barca, esta actitud, obedecía a la sensibilidad de sus sentidos, cada viaje que realizaba a través de la Laguna, significaba un eterno tormento para él. Sin embargo, las almas condenadas siempre lo consideraron un hombre de carácter irascible y de mirada terrible, esto se debía, obviamente, a la predisposición que el puesto de barquero conllevaba hacía quien lo ejercía. Por lo tanto, la segunda versión se considera más válida, porque nadie, en su sano juicio, cree que Caronte haya abandonado a su suerte a las almas en un momento tan desesperado. Cuando las aguas se desecaron todo el panorama anterior al diluvio había cambiado por completo, las pequeñas montañas habían desaparecido y, en su lugar, habían aparecido otras de mayor o menor tamaño. Los infinitos bosques fueron arrasados por las aguas y en su lugar aparecía otra clase de floresta que comenzaba a germinar pero, lo más importante era que, ¡La Laguna Estigia había desaparecido!