Cuando tenía trece años de edad muere su padre, aunque en su autobiografía él asegura que esto le sucedió a los nueve años, sin embargo, al hacer la cuenta del año en que nació y el año en que falleció su padre  suman 13. Fue un 18 de julio de 1883, víctima de la fiebre amarilla. Años más tarde en Serenidad dedica unos versos a su progenitor amado:

Aún vibra en mi oído tu acento sonoro,
Aún miro en mis sueños tu faz monacal,
Tu lejano aspecto de leyenda de oro,
Tus largos cabellos, tu barba fluvial.

Aún veo en tus manos exangües y largas,
Pródigas de dones y de bendición,
Subrayar las prédicas unciosas o amargas
Que me conducían a la perfección.

¡Oh Padre! ¡Oh Custodio!, ¿Por qué te me fuiste?
Bien ves que me faltas, bien ves que me pierdo
En los laberintos de la vida triste
Y que ansiosamente, desde que partiste,
Vivo asomado a tu recuerdo…

Su madre lo envía, al enviudar, al Colegio de San Luis Gonzaga de Padres Romanos en Jacona, Michoacán. El mismo escritor declara que ese fue el término de su infancia. Ahí permaneció en 1884 y 1885. Al terminar su instrucción, ingresa al Seminario en Zamora que también se ubica en el estado de Michoacán para realizar sus estudios preparatorios, comenzando por el latín. Su estancia inicia en 1886 y culmina en 1891. Es ahí que termina sus estudios de bachiller y comienza su instrucción en Derecho Natural.

En este período escribió los cuentos y poemas que conforman Las Mañanas del Poeta compilados por el doctor Alfonso Méndez Blancarte en 1938  editados por Botas, en México. Estas obras están inspiradas por el rechazo de una jovencita de catorce años que le provocó escribir muchos versos entonces y aún después. Fue un libro acogido con gran interés por el público debido a que revela aspectos importantes de la vida y el sentir del escritor. La autobiografía fue escrita entre 1887 y 1890, de los diecisiete a los veinte años, por lo cual, más que un documento de vida es un escrito de desahogo romántico. Las prosas que conforman este libro son los textos que escribió el autor durante sus años de seminarista en Michoacán, estudios en los que no llegó a más debido al gusto que tenía por las mujeres ya desde entonces. Dicen que el director de dicha institución, habló con él para decirle: "Vete a Tepic y piénsalo. Regresa si estás convencido" y por supuesto nunca regresó.  Por lo tanto, este libro es de gran valor porque nos muestra esos intentos primitivos con todo y sus pequeñas fallas en la construcción de las frases, aunque muchos conocedores han afirmado que con una ligera corrección muchos de esos cuentos bien podrían haber figurado junto con los otros que escribió años después, cuando ya había alcanzado la perfección literaria.

Sus esfuerzos incipientes de hacer literatura, en tiempos de estudiante, oscilan entre el verso y la prosa indistintamente. Ya después sabría que la poesía era su lenguaje natural por ser la que hacía perfecta comunión con su sentir y por ello escribió tantos y tantos versos, pero también comprendió que la prosa era la que le daba para vivir y creó innumerables obras narrativas. “Dios me había hecho poeta y ya se sabe que un poeta es un pobre loco, apasionado por todo lo bello, por todo lo misterioso, y, añadamos, por todo lo triste” escribió alguna vez Amado Nervo.

Un incendio devora el negocio familiar en Tepic y Amado se siente con la obligación de dejar los estudios para ir en auxilio de su familia, se dice que el siniestro puso en manos de Nervo el pretexto perfecto para desertar. Comenzó a trabajar como dependiente mayor de un almacén de ropa en Tepic llamado “La Torre de Babel” y como cronista de El Correo de la Tarde. Un vespertino fundado en el Puerto de Mazatlán, Sinaloa, el 14 de junio de 1885. Aquí comenzó a colaborar un 13 de septiembre iniciándose como cronista, su columna consistía en una serie de semblanzas versificadas. Es hasta entonces cuando se encuentra con las obras de Rubén Darío, José Martí y Manuel Gutiérrez Nájera.

En septiembre de 1892 comienza a trabajar en El Correo en sustitución del cronista y periodista sinaloense José Ferrel, en donde permanece hasta 1894. Sus textos destacan por la combinación de lo provincial con todo y su perfume melancólico con el modernismo de las tertulias literarias y las redacciones de los periódicos metropolitanos.